AlphaFold2的记录，刚刚被刷新了。

最新，环球持续蛋白质构造预测竞赛CAMEO（Continous Automated Model EvaluatiOn）上，DeepMind旗下AlphaFold2的记录被刷新。

HeliXonAI，一个此前名不见经传的“新面孔”，加冕第一。

同时，在环球构造预测领域紧张评价指标lDDT（Local Distance Different Test）中，HeliXonAI跑分也高达83.5分，连续四周排名第一，远超第二名的70.2分。

HeliXonAI由此一鸣惊人，成为圈内热议焦点。

但随着幕后团队浮出水面，如此成绩又被认为情理之中。

由于打造团队华深智药，正是生物打算领域大牛彭健的创业公司，也是张亚勤旗下清华AIR智能家当研究院首个公开的孵化项目。

CAMEO（Continous Automated Model EvaluatiOn），环球持续蛋白质构造预测竞赛，由瑞士生物信息研究所和巴塞尔大学联合举办，与CASP被认为是构造预测领域最主要的两项比赛。

但不同于CASP的是，CAMEO的参赛者须要每周预测20个由天下范围内的构造生物学家最新破解出构造的蛋白质的构造，比赛的得分与排名也会每周实时更新。

该竞赛吸引了环球生物打算领域的最顶尖选手。

诸如华盛顿大学蛋白质设计研究所的David Baker教授研发的RoseTTAFold，百度开拓的PaFold，和腾讯研发的tFold等模型，都在个中竞逐。

而华深智药的构造预测平台HeliXonAI，已经连续四周在紧张评价指标lDDT（Local Distance Different Test）上达到83.5分，持续排名天下第一。

在CAMEO的结果中，越靠右表示预测的构造越多，越靠上表示预测的构造越准……

而现在，牢牢地霸占最右上角的便是HeliXonAI。

更令人惊喜的是，在上一周CAMEO发布的17个目标蛋白质上，HeliXonAI的均匀lDDT预测精确度，达到了84.0——意味着对AlphaFold2的超越。

之前DeepMind团队公开的AlphaFold2模型预测精确度，评分在81.9。

并且在另一评价指标TM-score上，也有同等的结果。

HeliXonAI以91.6的评分，同样超越了AlphaFold2的85.6。

比较RoseTTAFold和PaFold的76分，更是数量级上的超越。

此外，在最新一周的标注为“困难” (hard) 的7个蛋白构造中，HeliXonAI更是进一步拉开差距，在TM-score上比第二名Alphafold2赶过6分之多。

总之，不同层面的数据结果都在解释，环球蛋白质构造预测的王座，易主了。

众所周知，蛋白质在理解生命科学与药物开拓中的地位举足轻重。
为了实行特定功能，蛋白质必须折叠成对应的构造。

然而，理解蛋白质的三维空间构造一贯是生物学中的重大寻衅，已经困扰生物学家 50 多年…

直到 2020 年由DeepMind 团队开拓的 AlphaFold2模型，在第十四届国际蛋白质构造预测竞赛（CASP14）上，险些达到冷冻电子显微镜等实验技能的准确度。

一石激起千层浪，引领打算生物领域的标志性变革。

但AlphaFold2实际也并非完美，例如在同源旗子暗记较弱的情形下预测的偏差较大，对付抗体可变区域的预测也精度欠佳。

华深智药团队，也是看到了可改进之处，动手开拓人工智能药物开拓平台——HeliXonAI。

该平台席卷了包含蛋白质构造预测在内的一整套生命建模算法体系，将被用于承接包含抗体设计，靶点创造等诸多寻衅性任务。

同时，HeliXonAI的蛋白质构造预测算法在AlphaFold2的根本上，提出了诸多改进。

比如数据上利用数据蒸馏引入了更为弘大的无构造氨基酸序列数据库，并且在模型上设计了新颖的进化调度（Evolutionary Calibration）模块实现了对多比对序列的信息较正。

又比如对付空间坐标的优化，HeliXonAI引入了几何平滑（Geometric Smoothing）模块，利用几何深度学习的特性，和近一千层的深度，不断地将坐标优化到精确位置上。

这2大全新的模块的加入，能够迭代式地修复同源序列比拟中的偏差并相应地对所有原子几何位置做出对应的调度，这样就能更为有效地办理同源旗子暗记弱的问题，并在原子级别的细节上做出更精准的预测。

终极，在8块A100显卡上，经由连续靠近3个多月的演习，HeliXonAI实现了模型预测能力指标上对AlphaFold2的超越。

当然，须要指出的是，如此成果并非只是3个月的冲刺，背后还有华深智药团队的多年积累。

彭健，伊利诺伊大学厄巴纳-喷鼻香槟分校（UIUC）打算机科学系及医学院终生教授，生物打算领域的有名大牛，机器学习与蛋白质构造和功能预测的顶级科学家。

他在博士期间设计的著名算法RaptorX以及在UIUC任教期间设计的DeepContact算法，多次在CASP比赛中得到领先的成绩，并很早就考试测验将深度学习的技能引入这个领域。

彭健也因此在2016年得到有“诺奖风向标”之称的斯隆研究奖，并于2020年得到打算生物领域最高奖奥弗顿奖（Overton Prize）。

此前，奥弗顿奖得到者包括David Baker， Trey Ideker以及Aviv Regev等打算生物学领军人物，而彭健教授也是该奖项20年来的唯一华人得主。

今年6月，看到了领域内正在发生的质变，在张亚勤旗下清华大学人工智能家当研究院孵化之下，正式创办华深智药。
很快便完成了千万美元级天使轮融资。

创办伊始，华深智药就明确要打造新一代人工智能科学打算平台，并结合自研高通量生物实验技能，为研发职员供应微不雅观天下分子打算、仿照与设计的智能系统。

彭健明确，在新药开拓领域，特殊是大分子药物开拓，华深智药希望用创新性地利用AI重构药物开拓流程，从而极大程度长进步新药研发速率和效率。

而HeliXonAI平台，便是华深智药第一阶段的成果。

并且HeliXonAI平台的家当运用，也已经开始展现，由于该平台集成了包含蛋白质交互，蛋白质动态建模，抗体关键区域建模，靶点查询，蛋白质设计等一整套生命建模流程体系……

于是在针对新冠病毒变异株的抗体设计和免疫逃逸位点检测等任务中，也能发挥浸染。

听说，干系成果已经进入家当转换阶段了。

CAMEO传送门：

https://www.cameo3d.org/modeling/1-week/difficulty/all/?to_date=2021-12-04

— 完 —

量子位 QbitAI · 号签约

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