Bio-OS促进科研成长助力生命科学领域立异成长_生物_平台
为了进一步推动海内生命科学领域的互换与互助,构建一个“开放、创新、互助、共赢”的科研新生态,CCF开源创新大赛暨第二届Bio-OS开源开放大赛于近日盛大启动。为了深入理解Bio-OS平台的代价和影响,51CTO采访了本届大赛的主席、大赛的互助方、往届参赛团队的辅导老师以及参赛选手,分享了他们对Bio-OS平台的独到见地和深刻认识,以及他们在参赛过程中的宝贵履历,为我们揭示了Bio-OS 这一平台在推动生命科学发展中所扮演的主要角色。
Bio-OS应运而生,赋能科研新时期长久以来,生物信息学领域呈现出了多样化的数据库、剖析工具、开源算法库、软件包和软件支撑系统,这些资源来自各个研究机构和企业,它们在不同领域内独立开拓,以支持生物信息学剖析系统的构建与支配。然而,由于缺少统一的标准和规范,这些工具每每各不相谋,难以形成统一的研发范式,也无法广泛成为生物信息技能和大数据处理的有力支撑体系。
随着生物信息学不断融入人工智能、大数据等前沿技能,其跨学科特性愈创造显。在这一背景下,Bio-OS平台的应运而生出身。正如本届大赛主席,广州实验室研究员,博士生导师,科学数据平台主任李亦学所强调的,面对大数据时期数据密集型科研第四范式和AI4Science第五范式所带来的科研寻衅,广州实验室与火山引擎携手打造了Bio-OS平台,供应了标准化、规范化的生物信息学剖析工具和环境,以应对生信领域的变革。
Bio-OS平台不仅显著降落了生物医学大数据挖掘的繁芜度,还能灵巧便捷地构建符合研究任务需求的大数据剖析事情流。其结果的可复现性使得研究职员能够更专注于本领域的科学问题,从而加速科学创造并提高研究效率。对付高校学子而言,Bio-OS平台同样供应了丰富的实践机会,他们可以通过平台灵巧设置实践课程,进行根本的生物信息学学习和演习,迅速发展为生物信息学领域的技能专家和好手,为科研奇迹贡献更多力量。
广州金域基因检测中央生物信息部主任孙明明认为,Bio-OS平台是一种全新的模式,它不仅供应了数据分享的功能,还集成了浩瀚前辈工具。这一平台将生物信息学与云平台紧密结合,使学习者和研究者能够更方便地分享数据和工具,不再受限于自己的科研院所或公司。这种开放性不仅拓宽了全体生物信息家当链的视野,也为生物信息学领域的创新和发展注入了新的活力。
作为这次大赛的互助方,寻因生物在数据资源和技能方面供应相应的支持。除了对大赛的支持以外,寻因生物也正在将部分业务迁移到Bio-OS平台。寻因生物生信总监张广鑫也非常认同Bio-OS平台的设计理念。“Bio-OS是一个开放的平台,用户可以共享剖析的软件、环境和代码,同时供应公有的数据集供用户利用,还可以方便得调用私有的数据,并且保护数据安全。Bio-OS平台可以帮助用户提升剖析效率,减少打算资源和打算环境的关注,将更多韶光和精力集中在生物特色和生物征象本身。并且Bio-OS平台底座是在火山引擎上,公有云的办法也减少了我们对打算资源焦虑的痛楚。”
Bio-OS驱动多领域生命科学代价创新随着生命科学领域的飞速发展,对高效、可靠、可复现的剖析平台的需求日益急迫。Bio-OS平台不仅知足了这些核心需求,更为多个领域带来了前所未有的代价。无论是提升科研效率、推动学术互换,还是助力人才培养,Bio-OS平台都展现出了其独特的魅力和深远的影响力。
据理解,Bio-OS平台以其云原生架构体系和GA4GH规范标准的支持,展现了其在生命科学领域的独特上风。这一平台不仅确保了剖析流程的可移植性,还践行了“一次构建,处处运行”的云原生理念,使得生命科学领域的研究职员能够轻松一键开启生物信息学剖析,大大提高了科研效率。
西安电子科技大学打算机科学与技能专业打算生物信息学研究所研三学生黄朝阳指出,生信论文复现环节常常面临多重寻衅,任何一个环节的失落误都可能导致无法复现的结果。然而,Bio-OS平台通过打包全体实验流程,极大地简化了这一流程。研究职员无需自行配置代码搭建环境,只需登录Bio-OS平台,一键运行,上传数据,符合规范后即可迅速得到剖析结果。这种便捷性大大降落了论文复现的门槛,为科研事情者带来了极大的便利。
对付高校和科研机构而言,Bio-OS平台是一个实践平台,可帮助学生和研究者更好地培养数据思维、节制必要的技能和剖析思路。成都东软学院康健医疗科技学院杜萌泽老师强调,数据在生物信息学中霸占着举足轻重的地位。过去,科研数据多来源于已揭橥的文章,这些数据常日存放在公共数据库中,且对数据输出的限定较多。但Bio-OS平台,可让数据获取以及后续复现环境搭建变得更加大略,从而也提高了数据的可复现性。通过平台上的实时交互剖析环境和数据管理工具,学生可以更快地节制生物信息学的基本知识和技能,为未来的科研创新打下坚实的根本。
上海交通大学医学院附属瑞金医院主治医师、Hiplot平台创始人兼首席技能顾问王铭杰对Bio-OS平台给予了高度评价。他认为Bio-OS不仅是一个超前的理念,更是未来生物信息学发展的长远着眼点。他表示,Bio-OS的设计理念与国际一流的生物信息云平台保持同等,以Workspace为核心理念构建生信剖析事情环境,并在工具、技能标准、数据管理、任务实行与调度等方面实现了规范统一。这一平台的涌现有望促进不同医院和研究所之间的数据和技能互换,进一步弱化壁垒,推动全体生物信息学领域的发展。
Bio-OS平台无疑为生命科学领域注入了新的活力。它不仅以其高效、便捷的特性,让科研事情者们能够更轻松地应对寻衅,更以其开放、共享的精神,促进了不同领域间的互换与互助。
Bio-OS开源开放大赛开启,精英履历分享Bio-OS开源开放大赛是面向生物医学领域干系高校、科研机构、企业等从业职员的全国性***大赛。2023年,首届大赛就吸引了来自环球45所高校、16所科研机构、8家企业靠近200支团队、400多名选手参与。经由一个多月的激烈竞赛、层层选拔,终极25支参赛团队荣获大赛各个奖项。
2024年,CCF开源创新大赛暨第二届Bio-OS开源开放大赛也于近日正式开赛。本届大赛更是在中国打算机学会和广州实验室的联合辅导下,由火山引擎和 Intel 联合主理,协办单位包括中国生物信息学学会(筹)、中国打算机学会开源发展委员会、上海生物信息学会、广东省生物信息学会,***支持单位为中国光华科技基金。本届大赛的赛题分为三个赛道,包括论文复现赛道、任务寻衅赛道和AI赛道,三个赛道奖金总额达到31.5万元,并且约请到业内有名专家和学者作为大赛评委团。
作为第一届大赛论文复现赛道的前三强,黄朝阳分享了他的宝贵履历。他强调,在配置根本环境时,务必先运行紧张示例代码,随后再逐步完善赞助环境和赞助代码的运行。他建议参赛者不要一次性将终极环境全部支配到Bio-OS平台,而应逐步更新,以防止因环境问题导致的代码运行失落败。
作为第一届大赛任务寻衅赛前三强的孙明明则建议参赛者看重积累和实践。他认为,只有不断学习、练习和沉淀知识,才能在比赛中游刃有余。他特殊指出,对Bio-OS系统的熟习程度将直接影响参赛的难度,因此前期的准备和理解至关主要。
而同样作为第一届大赛任务寻衅赛前三强的王铭杰则特殊强调了团队互助的主要性。他建议参赛者不要孤军奋战,而是组建一个分工明确、具备综合生物信息和IT知识的团队。他认为,团队互助能够更有效地办理赛题,提高完成质量,从而更随意马虎取得好成绩。同时,他也提醒参赛者,由于比赛高手云集,必须全力以赴,不可掉以轻心。
值得一提的是,在第一届大赛中,成都东软学院派出了15支参赛军队,共计50多位才华横溢的同学。他们在论文复现赛道上凭借出色的表现,荣获了第二名的好成绩。作为成都东软学院参赛团队的辅导老师,杜萌泽鼓励学生们以积极的心态面对比赛。她认为,参与比赛本身便是一次宝贵的学习和发展机会,无论结果如何,过程中的收成都是巨大的。她鼓励学生们“但做好事,莫问出路”,勇于考试测验,不断努力,为生物信息学领域的发展贡献自己的力量。
共赴生命科学盛宴,探索创新之路CCF开源创新大赛暨第二届Bio-OS开源开放大赛不仅是生命科学领域的一次盛会,更是推动行业发展、促进学术互换的主要平台。目前,大赛已经开启报名,并且进入到初赛阶段。我们诚挚约请对生命科学领域充满激情亲切的师生、研究职员和行业专家参与个中,共同探索生命科学的无限可能。
大赛组织:
1.辅导单位:中国打算机学会、广州实验室
2.主理单位:火山引擎、Intel
3.协办单位:中国打算机学会开源发展委员会、中国生物信息学学会(筹)、上海生物信息学会、广东省生物信息学会
4.***支持单位:中国光华科技基金会
5.互助单位:寻因生物、南方医科大学、成都东软学院
6.互助伙伴:字节跳动开源、稀土掘金、火山开拓者社区、字节跳动技能团队、DeepTech、51CTO、YuLabSMU、生信石头、优雅R、生信媛、小麦研究同盟、悟空平台omics、多组学与康健、生信技能树、宏基因组、生信基地biomamba
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